A primeira menção à Casa de Detenção de Niterói (CDN) aparece num regulamento da Presidência da Província de 04/12/1847 segundo o qual deveriam existir duas prisões naquela instituição: uma destinada aos presos sob custódia e outra aos condenados a trabalhos forçados e escravos fugidos. A partir de 08/05/1893, através do decreto estadual n° 40, a Casa de Detenção passou à subordinação da Chefia de Polícia e esta à Secretaria de Polícia do Estado do Rio de Janeiro. O decreto estadual n° 394, de 24/07/1897, trouxe um novo regulamento para a CDN, estabelecendo que a instituição destinava-se à reclusão dos indiciados legalmente pelas autoridades policiais e judiciárias do município de Niterói e dos que procedessem de qualquer município do Estado, mediante autorização do Chefe de Polícia. De acordo com a lei n° 835 de 1908, a CDN seria extinta assim que fosse instalada a Colônia Penal Agrícola; no entanto, ela continuou aparecendo na estrutura administrativa do Estado. Em 1919, após a reorganização da Secretaria Geral do Estado, a CDN passou à subordinação da Repartição Central de Polícia. O decreto-lei n° 106, de 28/06/1940, estabeleceu a subordinação da CDN à Secretaria de Justiça e Segurança Pública. A lei n° 2.772, de 20/04/1956, estabeleceu a transferência da subordinação da CDN para a Secretaria do Interior e Justiça. Pela lei n° 5.685, de 29/03/1966, a CDN passou a ser denominada como Presídio Geral do Estado (PGE), não admitindo o recolhimento de presos com doença mental ou contagiosa. De acordo com o decreto estadual n° 8, de 15/03/1975, o PGE continuou subordinado à mesma Secretaria, que passou a se chamar Secretaria de Estado de Justiça.