Tem suas origens na Casa de Detenção da Corte. Com o advento da República houve uma grande reorganização no serviço policial do Distrito Federal expressa através do Decreto n° 3.640, de 14/04/1900. O decreto determinou que o ministro da Justiça fosse o superintendente geral da Polícia do Distrito Federal, o que fez com que o administrador e demais empregados da Casa de Detenção da Corte fossem considerados auxiliares das autoridades policiais e a instituição (CDC) transformada numa repartição da Polícia. O chefe de Polícia passou a ser nomeado diretamente pelo presidente da República e o administrador da Casa de Detenção, que no Império era nomeado pelo chefe de Polícia, passou a ser nomeado pelo ministro da Justiça. O Decreto n° 3.641 (14/04/1900) estabelece um novo regulamento para a instituição que passou a ser denominada Casa de Detenção do Distrito Federal.
Diferentemente do período imperial, o novo regulamento estabelece que mulheres e menores ficassem separados dos homens adultos. A separação dos presos pela sua origem social foi mantida na República. Além disso, o regulamento classifica os presos em outras categorias para a separação em setores diferenciados: os presos por contravenção; os detidos por causa cível, comercial, administrativa, ou por requisição consular, os presos à disposição de autoridades policiais; os detentos à disposição de juízes criminais para formação de culpa; os pronunciados à espera de julgamento e os condenados à espera de decisão de recurso; os condenados por sentença passada em julgado.
Foram estabelecidas novas regras para nomeação dos cargos, mantendo-se algumas atribuições já existentes. Além das determinações hierárquicas, o novo regulamento trouxe diversas deliberações sobre os procedimentos quanto ao sistema de segurança, administração, finanças, registro, identificação e classificação dos presos, bem como sobre o funcionamento da instituição e as regras de punições para os detentos.
Em 1914, a Casa de Detenção ganha um novo regulamento (Decreto nº 10.873) que determina que a instituição esteja diretamente subordinada ao Ministério da Justiça e não mais ao Chefe de Polícia, fazendo com que os assuntos internos da instituição passassem para a alçada do procurador geral do Distrito Federal, os promotores públicos e a Comissão Central de Assistência Judiciária. Mantiveram-se a regulamentação das penas disciplinares aos presos e atribuições da diretoria. Entretanto, houve alterações no recolhimento e abrangência de dados dos presos e na sistematização dos registros.
Em 1941 houve nova alteração nas normas que regiam a Casa de Detenção. O Decreto nº 3.971 mudou a designação da Casa de Correção para Penitenciária Central do Distrito Federal e da Casa de Detenção para Presídio do Distrito Federal. Também determinou que réus presos preventiva ou provisoriamente deveriam ser ali recolhidos e que a pena de prisão simples fosse ali cumprida quando faltasse espaço na Penitenciária Central.
O regulamento nº 25.945 ( 04/12/1948) instituiu novas regras para o Presídio do Distrito Federal, mantendo sua subordinação ao Ministro da Justiça e Negócios Interiores e introduzindo mudanças administrativas significativas. Em meio às disposições gerais, destaca-se o artigo 26 pelo qual: “O Presídio do Distrito Federal proporcionará trabalho aos presos, o qual deverá ser remunerado.”
Por ocasião da fundação de Brasília, a lei nº 3.752 (14/04/1960) transferiu todos os serviços locais prestados ou mantidos pela União para o recém-criado estado da Guanabara, incluindo o Presídio do Distrito Federal. Este ficou administrativamente ligado à Penitenciária Central do Distrito Federal, que passou a se chamar Penitenciária Lemos de Brito. A lei nº 263, de 24/12/1962, subordinou o sistema penitenciário do novo estado à Secretaria de Justiça, que decidiu no ano seguinte que o presídio fosse desvinculado da Lemos de Brito, passando a denominar-se Penitenciária Milton Dias Moreira, última denominação do órgão.