Criada pelo Decreto n° 1.774, de 02/07/1856. Instalada nas dependências da Casa de Correção da Corte do Rio de Janeiro, fazia parte do complexo penitenciário que incluía também o Calabouço e a Casa de Correção.
A Casa de Detenção foi constituída para substituir o Aljube, uma antiga masmorra eclesiástica desativada por não atender mais às necessidades da Justiça. Embora também pudesse abrigar presos condenados, sua principal função era manter detidos aqueles que ainda não tinham sido condenados ou que tivessem cometido pequenos delitos sem pena. Era utilizada primordialmente para detenções de curta duração. O diretor da Casa de Correção passou a acumular o cargo de diretor da Casa de Detenção, sendo auxiliado por um ajudante e um escrevente, ambos nomeados pelo chefe de Polícia.
Ao dar entrada na instituição o preso passava por uma triagem composta por dois critérios: “averiguação do crime” e a “condição do preso”. A expressão “condição do preso”, que à primeira vista remete ao fato de ser homem ou mulher, escravo ou livre, nacional ou estrangeiro, podia também dar margem à separação pela origem social daquele.
Para ser recolhido o preso deveria ser conduzido com ordem emitida pela autoridade responsável por sua prisão. Essa ordem deveria conter os dados do detido, tais como características físicas, o crime cometido, horário da prisão etc. Somente pessoas presas em flagrante delito eram aceitas sem a ordem de prisão, com a condição de explicar os motivos da detenção. Os presos recolhidos à noite seriam encarcerados em lugar separado e classificados no dia seguinte.
Os doentes deveriam ser levados à enfermaria da penitenciária porque não havia tal atendimento na Casa de Detenção. As despesas com o tratamento dos doentes corriam por conta da família, no caso dos que se sustentavam; as despesas com escravos ficavam à cargo dos senhores, ao passo que as dos presos considerados pobres eram de responsabilidade do Estado. As visitas médicas eram realizadas três vezes por semana para os presos na Detenção e uma vez por dia para os que estivessem na enfermaria. Também era função dos médicos a inspeção da comida servida aos presos uma vez por semana, para atestar sua qualidade.
A segurança externa da instituição era realizada por policiais militares e a interna por guardas de livre nomeação do diretor. Entre as incumbências do diretor, estava o envio da relação dos presos ao Chefe de Polícia no início de cada mês. Na década de 1880, pequenas alterações de caráter administrativo foram introduzidas na Casa de Detenção da Corte, como a que determinava a mudança de nome do cargo de Diretor para Administrador, e a que modificava atribuições do médico da instituição, e das regras para as visitas aos presos.
Com o advento da República houve uma grande reorganização no serviço policial do Distrito Federal expressa através do Decreto n° 3.640, de 14/04/1900. O decreto determinou que o ministro da Justiça fosse o superintendente geral da Polícia do Distrito Federal, o que fez com que o administrador e demais empregados da Casa de Detenção da Corte fossem considerados auxiliares das autoridades policiais e a instituição (CDC) transformada numa repartição da Polícia. O chefe de Polícia passou a ser nomeado diretamente pelo presidente da República e o administrador da Casa de Detenção, que no Império era nomeado pelo chefe de Polícia, passou a ser nomeado pelo ministro da Justiça. O Decreto n° 3.641 (14/04/1900) estabelece um novo regulamento para a instituição que passou a ser denominada Casa de Detenção do Distrito Federal.