A criação de um órgão específico para exercer as funções de perícia médica com fins legais foi instituída pelo Decreto nº 6.440, de 30 de março de 1907, através do estabelecimento do Serviço Médico Legal, com a competência de proceder aos exames de corpo delito, autópsias, exumações e análises toxicológicas, subordinado ao Chefe de Polícia Civil do Distrito Federal, integrante da estrutura do Ministério da Justiça e Negócios Interiores. O Decreto nº 15.848, de 20 de novembro de 1922, alterou a sua denominação para Instituto Médico Legal, a qual se mantém até os dias atuais. Em 1945, passou a integrar a estrutura do Departamento Federal de Segurança Pública (DFSP). Em 1960, com a transferência da capital federal para Brasília, os serviços públicos prestados pela União na cidade do Rio de Janeiro, passaram para o estado da Guanabara, entre eles o IML.